Ziel der Innovationspartnerschaft ist sowohl die Entwicklung einer innovativen Ware, Bau- oder Dienstleistung, als auch der anschließende Erwerb der Leistung.

Eine Innovationspartnerschaft steht für Auftraggeber nur dann offen, wenn innovative Waren, Bau- oder Dienstleistungen nachgefragt werden, die nicht auf dem Markt verfügbar sind. Eine Innovationspartnerschaft ist dann unzulässig, wenn der Bedarf bereits durch am Markt verfügbare Leistungen befriedigt werden kann. Zur Überprüfung, ob Leistungen am Markt vorhanden sind, hat daher der Auftraggeber vorab eine Markterkundung durchzuführen.

Die Innovationspartnerschaft kann sich in drei Verfahrensabschnitte gliedern:

1. Ausschreibungsphase: Hier wird ein Verhandlungsverfahren mit vorheriger Bekanntmachung durchgeführt. Dabei wird zunächst eine unbeschränkte Anzahl von Unternehmern öffentlich zur Abgabe von Teilnahmeanträgen aufgefordert.
2. Entwicklungsphase: Nach Durchführung des Verhandlungsverfahrens mit vorheriger Bekanntmachung startet die Entwicklungsphase mit dem oder den ausgewählten Innovationspartnern. Danach werden ausgewählte geeignete Bewerber zur Abgabe von Angeboten zur Entwicklung einer innovativen Ware, Bau- oder Dienstleistung aufgefordert. Diese Entwicklungsphase kann sich wieder in mehrere Abschnitte teilen. Zum Beispiel in Abschnitte der Erstellung von Studien, Entwicklungen von Prototypen und die Erstellung erster Produkte.
3. Erwerbsphase: Nach der Entwicklungsphase kann der Auftraggeber die entwickelte innovative Ware, Bau- oder Dienstleistung erwerben, wenn das vereinbarte Leistungsniveau und die Kostenobergrenze eingehalten wurden. Der Vorteil der Innovationspartnerschaft besteht darin, dass der Erwerb der entwickelten Leistung nicht neuerlich vergeben werden muss. Für das Unternehmen entfällt das Risiko, dass es nach der Entwicklung bei der Herstellung und kommerziellen Beschaffung nicht den Zuschlag erhält.